Nærmest kalejdoskopisk spiller farverne i Sortebrødre Kirkes tre hvidkalkede vinduesnicher i korets østvæg. Siden 1906 har lyset fået lov til at lege i de blyindfattede, farvede glasglugger.
En stærk alliance mellem kunstneren Joakim Skovgaard, formgiveren Thorvald Bindesbøll og glasmesteren August Duvier skabte på de tider ikke blot glasmosaikkerne i Sortebrødre Kirkes tre gotiske vinduer i østgavlen; den stod også bag en lidt tilsvarende dekoration i Viborg Domkirkes korrunding og mosaikken med de to syngende engle mellem domkirkens vesttårne.
En mosaik som Sortebrødre Kirkes er egentlig et stort puslespil med hundreder af farvede glasstykker som brikker. Da den kom op, var den et farverigt indslag, men den fik samtidig koret til at tage sig noget dunkelt ud. Dengang var koret uden sidevinduer.
Mellem 1912 og 1917 stod arkitekt Helge Bojsen-Møller for et omfattende arbejde, der skulle bringe kirken nærmere den oprindelige udgave. Som noget af det første gendannede håndværkerne tre høje vinduer i korets nordlige væg og ét i den sydlige. Egentlig ville arkitekten have rekonstrueret østgavlen, men det fik han ikke lov til. Der var nemlig ingen gamle spor at gå efter.
De fire ekstra vinduer i koret fik også farvede ruder, og det var til Det Særlige Kirkesyns store mishag. Kirkesynet var heller ikke begejstret for Bindesbølls tre farverige indslag. Det ønskede – med Goethes sidste ord – “mehr Licht”, mere lys.
Der skulle dog gå en del år, før kirken efterkom ønsket. Men kun med klart glas i de fire vinduer. Bindesbølls mosaikker vovede ingen at røre ved.